分析：生物進化的證據有化石證據、比較解剖學上的證據、胚胎學上的證據，化石是指保存在巖層中的古生物遺物和生活遺跡；比較解剖學是對各類脊椎動物的器官和系統(tǒng)進行解剖和比較研究的科學，生物進化在比較解剖學上最重要的證據是同源器官；胚胎學是研究動植物的胚胎形成和發(fā)育過程的科學，也為生物進化論提供了很重要的證據，如脊椎動物和人的胚胎早期都有鰓裂和尾．說明了脊椎動物和人是從某些古代的低等動物進化來的．自然界中的生物，通過激烈的生存斗爭，適應者生存下來，不適應者被淘汰掉，這就是自然選擇．
解答：解：化石是研究生物進化最重要的、比較全面的證據，化石是由古代生物的遺體、遺物或生活痕跡等，由于某種原因被埋藏在地層中，經過漫長的年代和復雜的變化而形成的．并不是生物的遺體、遺物或生活痕跡就叫化石，研究發(fā)現，不同的地層中埋藏著不同類型的生物化石：埋藏于較淺地層中的化石與現代生物結構比較相似，埋藏于較深地層中的化石與現代生物結構差別較大，并且越是古老的地層中發(fā)掘的生物化石結構越簡單、低等，水生生物的化石越多；越是晚期的地層中發(fā)掘的生物化石結構越復雜、高等，陸生生物化石越多．化石在地層中出現的先后順序，說明了生物的進化歷程和進化趨勢：由簡單到復雜、由低等到高等、由水生到陸生逐漸進化而來的，因此化石是研究進化的主要證據．
達爾文認為，自然選擇過程是一個長期的、緩慢的、連續(xù)的過程．由于生存斗爭不斷地進行，因而自然選擇也是不斷地進行，通過一代代的生存環(huán)境的選擇作用，物種變異被定向地向著一個方向積累，于是性狀逐漸和原來的祖先不同了，這樣，新的物種就形成了．由于生物所在的環(huán)境是多種多樣的，因此，生物適應環(huán)境的方式也是多種多樣的，所以，經過自然選擇也就形成了生物界的多樣性． 因此生物進化的主要原因是自然選擇．
故答案為：化石；自然選擇．
點評：理解化石的形成和分布規(guī)律以及生物進化的原因是解答的此類題目的關鍵．
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