A
分析：生物進化的證據(jù)有化石證據(jù)、比較解剖學上的證據(jù)、胚胎學上的證據(jù)等，化石是指保存在巖層中的古生物遺物和生活遺跡；比較解剖學是對各類脊椎動物的器官和系統(tǒng)進行解剖和比較研究的科學，比較解剖學為生物進化論提供的最重要的證據(jù)是同源器官；胚胎學是研究動植物的胚胎形成和發(fā)育過程的科學，也為生物進化論提供了很重要的證據(jù)，如脊椎動物和人的胚胎早期都有鰓裂和尾，說明了脊椎動物和人是從某些古代的低等動物進化來的．
解答：化石是研究生物進化最重要的、最直接的證據(jù)，因為化石是保存在巖層中的古生物遺物和生活遺跡．直接說明了古生物的結構或生活習性．因此生物進化的直接證據(jù)是化石證據(jù)．因此，不同地層中的不同種類化石的比較、化石與現(xiàn)存生物的比較，都是研究生物進化的直接證據(jù)；現(xiàn)存不同生物的同一種蛋白質結果的比較，直接說明了生物之間的親緣關系以及進化歷程；不同地層的不同化學成分的比較不能說明生物進化歷程．
故選A
點評：解答此類題目的關鍵是理解生物進化的證據(jù)．
